動物科學系現有畜牧獸醫、水產養殖技術、農產品加工與質量檢測3個專業，在校生數量常年保持在1000人以上，就業率均保持在90%以上。其中畜牧獸醫專業為國家級重點專業，全國首批現代學徒製試點專業，也是恒行2具有悠久歷史的品牌特色專業。目前建有動物養殖實訓基地、動物繁育、飼料分析檢測中心等13個校內實訓室和2個校內生產性實訓基地，畜牧獸醫專業實訓基地於2012年被中央財政確立為職業教育重點支持建設的實訓基地；建有省牦牛繁育推廣中心、省藏羊繁育推廣中心等30多個校外實習基地，其中合作的青海牧源科技股份有限公司於2016年獲得“全國高校實踐育人創新創業基地”榮譽稱號。

動物科學系曾獲“全國教育先進集體”、“省級教學團隊”等榮譽稱號，動物科學系黨支部曾獲“青海省高校基層黨組織示範點”榮譽稱號；動物科學系具備一支素質精良、專兼合理的教師隊伍，現有專兼職教師34人，“雙師型”教師達到70%以上，具有碩士及研究生以上學歷15人，占比超過44%，副高以上職稱14人，有農業職業教育教學名師1名、省級骨幹教師3名、青海省“135”高層次人才培養工程“拔尖學科帶頭人”和“創新教學科研骨幹”2名，校外兼職教師40人；由專業教師發起的“青海湟源牧校—鷹娘支隊”創新服務團隊榮獲2020年全國終身學習品牌項目，申報組建2個科技特派員工作站；人才培養模式改革榮獲青海省教學成果獎二等獎1項、三等獎1項、農業部特等獎1項、全國農業職業教育教學成果一等獎1項、行業指導委員會教育教學成果8項；累計建成國家級精品課程1門、國家級精品資源共享課程1門、省級精品課程4門，主參編各類教材42本，累計發表論文100余篇，學生在全國創新創業大賽獲獎8項。